对商标专用权的保护，我国采取两种方式，即由工商行政管理机关查处商标侵权行为或由人民法院追究侵权人的民事责任。两个途径由当事人选择，但当事人不得既选择向人民法院起诉又同时请求工商行政管理机关进行行政处理。
对商标侵权行为直接向人民法院起诉的，属于民事诉讼，依《民事诉讼法》规定的程序进行。人民法院将按照《民法通则》、《商标法》的有关规定做出判决，要求侵权人停止侵权，赔偿损失、消除影响。
工商行政管理机关处理案件的特点是：行动迅速、程序简便、结案所需时间较短；人民法院审理案件的特点是：程序严密、注重民事救济。所以当事人应根据案件的特点来选择处理机关，以有效地保护自己的合法权益。