随着全球经济一体化进程的加快，我国跨境税收业务发生的频率日益提高，这其中非居民企业股权转让产生的重组与合并也十分活跃，由于该业务的计算和监管比较复杂，无论是从纳税人还是从税收征管角度看，把握好非居民企业股权转让所得企业所得税的政策细则显得尤为重要。
一、非居民企业股权转让范围及计算口径
《国家税务总局关于加强非居民企业股权转让所得企业所得税管理的通知》（国税函[2009]698号，以下简称《通知》）明确指出，股权转让所得是指非居民企业转让中国居民企业的股权（不包括在公开的证券市场上买入并卖出中国居民企业的股票）所取得的所得。
根据《通知》第三款，股权转让所得是指股权转让价减除股权成本价后的差额。股权转让价是指股权转让人就转让的股权所收取的包括现金、非货币资产或者权益等形式的金额。如被持股企业有未分配利润或税后提存的各项基金等，股权转让人随股权一并转让该股东留存收益权的金额，不得从股权转让价中扣除。股权成本价是指股权转让人投资入股时向中国居民企业实际交付的出资金额，或购买该项股权时向该股权的原转让人实际支付的股权转让金额。
需要指出的是，在实际操作过程中纳税人往往容易忽视币种选择问题。在计算股权转让所得时，以非居民企业向被转让股权的中国居民企业投资时或向原投资方购买该股权时的币种计算股权转让价和股权成本价。如果同一非居民企业存在多次投资的，以首次投入资本时的币种计算股权转让价和股权成本价，以加权平均法计算股权成本价；多次投资时币种不一致的，则应按照每次投入资本当日的汇率换算成首次投资时的币种。
二、股权转让纳税义务发生时间及申报时间
《国家税务总局关于非居民企业所得税管理若干问题的公告》（2011年第24号，以下简称《公告》）规定，非居民企业直接转让中国境内居民企业股权，如果股权转让合同或协议约定采取分期付款方式的，应于合同或协议生效且完成股权变更手续时，确认收入实现。
根据《通知》要求，扣缴义务人未依法扣缴或者无法履行扣缴义务的，非居民企业应自合同、协议约定的股权转让之日(如果转让方提前取得股权转让收入的，应自实际取得股权转让收入之日)起7日内申报缴纳企业所得税。非居民企业未按期如实申报的，依照税收征管法有关规定处理。关于其中“扣缴义务人”的定义，按照《非居民企业所得税源泉扣缴管理暂行办法》（以下简称《暂行办法》）第三条的规定，是指依照有关法律规定或者合同约定对非居民企业直接负有支付相关款项义务的单位或者个人。但就《通知》而言，并没有明确规定被转让股权的中国居民企业是直接扣缴义务人，那么这样理解为中国居民企业有协助征收该部分税款的义务。
三、非居民企业股权转让法的纳税地点
《暂行办法》中对一般非居民企业所得税申报缴纳地点给予了明确，掌握非居民企业股权转让所得纳税地点还需特别注意以下三种情况：
（一）扣缴义务人未依法扣缴或者无法履行扣缴义务。非居民企业应在规定时间内，到被转让股权的中国居民企业所在地主管税务机关（负责该居民企业所得税征管的税务机关）申报缴纳企业所得税。
（二）同时间接转让两个及以上不同省（市）居民企业股权。应选择向其中一个居民企业所在地主管税务机关按照《通知》第五条规定提供资料，由该主管税务机关所在省（市）税务机关与其他省（市）税务机关协商确定是否征税，并向国家税务总局报告；如果确定征税的，应分别到各中国居民企业所在地主管税务机关缴纳税款。
（三）交易双方为非居民企业且在境外交易。由取得所得的非居民企业自行或委托代理人向被转让股权的境内企业所在地主管税务机关申报纳税。被转让股权的境内企业应协助税务机关向非居民企业征缴税款。
四、税务机关有权对转让价格进行调整
目前，由于非居民企业股权转让业务的隐蔽性和征管体系自身的不完备，使得税务机关在税收征管中普遍存在难点和盲区，这其中最主要的是转让价格的真实性难以确定。实际操作中，交易双方会通过阴阳合同来转嫁余款，造成监管被动税款流失。因此，税务机关要注意把握对转让价格进行合理调整的情况。
（一）非居民企业向其关联方转让中国居民企业股权，其转让价格不符合独立交易原则而减少应纳税所得额的，税务机关有权按照合理方法进行调整。
（二）境外投资方（实际控制方）同时转让境内或境外多个控股公司股权的，被转让股权的中国居民企业应将整体转让合同和涉及本企业的分部合同提供给主管税务机关。如果没有分部合同的，被转让股权的中国居民企业应向主管税务机关提供被整体转让的各个控股公司的详细资料，准确划分境内被转让企业的转让价格。如果不能准确划分的，主管税务机关有权选择合理的方法对转让价格进行调整。